Sur le plan opérationnel, ce sont avant tout les cantons et les communes qui fournissent les structures nécessaires à la promotion, à l'optimisation et à la mise en oeuvre de la CII. Il en va de même pour la réalisation de projets visant à encourager la collaboration et, partant, à permettre la réinsertion des chômeurs. Sur le plan stratégique, et surtout normatif, les compétences sont par contre largement attribuées à la Confédération, notamment dans les domaines de l'assurance sociale et de la formation professionnelle. Les cantons étant toutefois responsables de légiférer en matière d'aide sociale et l'organisation étant différente au sein de chaque canton, le développement de modèles CII est souvent limité à un seul canton et les modèles ne sont pas forcément applicables aux autres.

Les trois chefs de département (DFI, DFJP et DEFR) ont signé la décision pour la poursuite du développement de la CII ("Einsetzungsbeschluss zur Weiterentwicklung der nationalen IIZ"). Cette décision a été prise sur la base des recommandations de l'évaluation sur la structure nationale de la collaboration interinstitutionelle publiée en 2016. Il est prévu entre autres une optimisation des processus et la création d'un secrétariat permanent de la CII en 2017.

Par décision du 11 novembre 2010, les conseillers fédéraux J. Schneider-Ammann (DFE) et D. Burkhalter (DFI) ont décidé qu'il convenait de poursuivre le développement et la promotion de la collaboration interinstitutionnelle ; une organisation CII nationale ad hoc a été mise en place.