Die zur Förderung, Optimierung und Durchführung von IIZ notwendigen Strukturen sind im operativen Bereich in erster Linie auf kantonaler und kommunaler Ebene angesiedelt. Gleiches gilt für die Umsetzung von Projekten, welche die Zusammenarbeit fördern und damit die Eingliederung von erwerbslosen Personen unterstützen sollen. Im strategischen und vor allem im normativen Bereich liegen die Kompetenzen dagegen weitgehend beim Bund, insbesondere in den Bereichen Sozialversicherung und Berufsbildung. Weil die Regelungskompetenz für die Sozialhilfe bei den Kantonen liegt und diese selbst sehr unterschiedliche Organisationsformen für die Sozialhilfe kennen, können IIZ-Modelle oft nur innerhalb eines Kantons entwickelt werden und lassen sich nicht immer auf andere Kantone übertragen.

Die drei Departementsvorstehenden des EDI, EJPD und WBF haben den Einsetzungsbeschluss zur Weiterentwicklung der nationalen IIZ am 29. März 2017 unterschrieben. Dieser Beschluss basiert auf den Empfehlungen der Evaluation zur nationalen Struktur der interinstitutionellen Zusammenarbeit, welche im 2016 publiziert wurde.

Die Bundesräte J. Schneider-Ammann (EVD) und D. Burkhalter (EDI) haben mit Beschluss vom 11. November 2010 entschieden, dass die interinstitutionelle Zusammenarbeit weiter entwickelt und gefördert werden soll. Dafür wurde eine nationale IIZ Organisation eingesetzt.